Первое судно голландцев появилось у берегов Индонезии в июне 1596 года. Появилось оно около города Бантам на острове Ява, который позже был ими полностью разрушен при захвате княжества Джакарта, а на его развалинах построена крепость Батавия. Это же название получил через два года и город, выросший вокруг крепости и являвшийся в течение длительного времени торговым и военно-политическим центром всех завоеванных нидерландцами территорий не только в Индонезии, но и в Юго-Восточной Азии в целом. Этот же город был резиденцией генерал-губернатора всех факторий и торговых станций Ост-Индской компании, созданных для вытеснения португальцев из Афро-Азиатского региона.

Голландия утверждала свое господство в Индонезии теми же методами, которые использовались тогда и другими странами: иностранные корабли в индонезийские порты не впускались (они считались пиратскими), ввозимые в Индонезию продукты могли быть только нидерландскими, торговые отношения с третьими странами должны были осуществляться только через посредство Нидерландов.

Боясь, как бы монополия в снабжении европейских стран пряностями не была отнята у них Англией или какой-либо другой страной, Нидерланды принудительно вводят в Индонезии выращивание определенных культур, причем строго его ограничивают. Так, например, подсчитав, что мир в состоянии потребить не более 500 — 600 фунтов гвоздики в год, голландцы оставили эту культуру только на острове Тидор, на острове Банда был оставлен для выращивания лишь мускатный орех, перец и корицу разрешили выращивать только на острове Амбоин. Чтобы не допустить падения цен, нереализованные остатки пряностей сжигались.

Любой ценой голландцы стремились сохранить безграничное господство в Индонезии. Попытки закрепиться в этом регионе предпринимали португальцы и англичане, но в результате концентрации усилий Ост-Индской компании именно на защите своего приобретения все они потерпели поражение. Так, стремясь навсегда отбить у англичан желание появляться в Индонезии, голландцы сфабриковали против их представителей дело, окрашенное и жестокостью, и хитростью, и алчностью колонизаторов.